На дворе 2029 год. Грань между человеком и машиной практически стерта: прогресс в области кибернетики позволил людям массово заменять свои биологические конечности и органы совершенными роботизированными протезами. В этом мире высоких технологий и киберпреступности на страже закона стоит 9-й отдел службы безопасности.

Главная героиня — майор Мотоко Кусанаги, киборг с человеческим разумом, чьи боевые навыки не имеют равных. Перед ней и ее командой встает сложнейшая задача: вычислить и обезвредить таинственного хакера, известного как Кукловод. Этот преступник способен взламывать не только правительственные сети, но и разум людей, обладающих кибернетическими имплантатами.

Что скрывается за личностью загадочного взломщика и какие цели он преследует? Ставки невероятно высоки, ведь на кону безопасность целого города, а само расследование заставляет майора Кусанаги по-новому взглянуть на собственную природу и понять, где заканчивается программа и начинается душа.